ツール→オプション→ピックアップ入力設定で「マスターシート･チェック」にチェックが入っていない場合に発生します。チェックが入っていない場合はチェックを入れてください。

既にそのようなスコアを入力している場合、スコア表示→ツール→「ラウンドとテーブルをマスターシートのデータで上書きする」をクリックします。

※64ビット版JTOS3.6.09以降、32ビット版JTOS3.5.83で不具合解消されます。
（現在テスト中、公開までしばらくお待ちください）